TCGA癌症临床数据资源全面介绍---癌症研究层面的全谱！

2006年，脾同一时外列脾癌序列平面图集（The Cancer Genome Atlas, TCGA）计划书以多形功能性胶质母细胞膜疣（GBM）、脾粒状细胞膜脾癌（LUSC）和卵巢粒状功能性囊腺脾癌（OV）开始为期3年的试点工程项目，2009年~2015年全面性告一段落。到工程项目截止，TCGA网络深入研究社会工作者已再现了33种脾同一时外列脾癌子类10,000余亦然病童的脾同一时外列脾癌水分子特质，并假设了很多脾同一时外列脾癌水分子甲型。TCGA涵盖的诊疗关键特质代注记泛化的资讯采集。为确保安全正确适用这些极强序列特质的巨量诊疗资讯，早先TCGA进行时一批重大成果，发注记在CellPress的子公司的刊物。

本文对4同年5日发注记Cell上的一文进行时编译。文章阐释以OS（总存活期）、PFI（无进展等长）、DFI（无病等长）和DSS（病症相关存活者）为四个主要诊疗结果往北的TCGA泛脾同一时外列脾癌诊疗资讯教育资源（TCGA-CDR）规范化资讯库，并得出结论了每种脾同一时外列脾癌子类的往北适用提议。TCGA诊疗资讯可从序列资讯总计享空外（GDC）该网站下载，所有的水分子资讯在下载。诊疗资讯和水分子资讯适用同样的条码骨架，便于病童的诊疗资料和抽取水分子资讯定位。

TCGA泛脾癌资讯库队列特质

平面图1A为诊疗资讯定位和定量及4个主要诊疗往北衍生和审计的流程平面图,对33份初始登记和97份后续资讯文件，总计33种脾同一时外列脾癌子类111,60亦然脾同一时外列脾癌病童的资料进行时了妥善处理。注记1为每个TCGA队列的相更为。按原发脾同一时外列脾癌抽取根据水分子特质选送每个队列，皮肤上阿兹海默（SKCM）的原发和移往冶两种子类都有，其它极更少数脾同一时外列脾癌的原发与移往子类也有深入研究。

平面图1. 诊疗资讯定位和定量及4个主要诊疗往北衍生和审计流程平面图

注记1. TCGA 泛脾癌队列特质

诊疗结果往北OS、PFI、DFI和DSS

总存活期（OS）很不可忽视，优点是假设OS流血事件时模糊功能性最低。但适用OS作往北确实削弱诊疗深入研究，因为非脾癌疑点不一定能揭示出脾同一时外列脾癌生物学、侵扰功能性或对病人大大降低。适用OS或须更长的随访星期；很多诊疗试验之中，通常引入相比之下随访星期较宽的DFI或PFI。针对现有TCGA诊疗资讯，要认识到有规律诊疗随访等长在侵扰功能性脾同一时外列脾癌子类结果的不可忽视功能性，因为确实几年内就掩蔽到诊疗流血事件，在临死前亡同一时外已用到复发复发或进展。对侵扰功能性要强的脾同一时外列脾癌子类，病童在数十乃至几十年后复发，随访长期确实不能掩蔽有限流血事件以支持合理结果供推断。该深入研究的借以是健康检查TCGA泛脾癌诊疗疗效样品的相比之下劣势和不足，指导今后的深入研究和可能会随访等长星期不足等缺陷。

深入研究全部TCGA诊疗资讯后，结论如下：在资讯可获得时，OS、PFI及DFI相比之下精确，但多数情况下根本不能据估计DSS。平面图1B为33种各有不同脾同一时外列脾癌子类的OS K-M直线。尽管存活深入研究不是TCGA主要远距离，多数脾同一时外列脾癌子类存活直线与即使如此审计不尽相同存活往北的脱离深入研究基本不尽相同，GBM、OV（2008, 2011）和低最高级别胶质疣（LGG）（2015）的TCGA结果就是不错亦然证。PFI、DFI和DSS的K-M直线见平面图1C–1E。

平面图1 B-E诊疗资讯深入研究

基于每种脾同一时外列脾癌子类4个往北的掩蔽星期计算不等随访星期及流血事件或健康检查的之中位星期（注记2）。所有脾同一时外列脾癌的之中位随访星期为22.1个同年，但各有不同子类脾同一时外列脾癌该星期差异性前所未见；GBM和急功能性髓系白血病（LAML）最短平均12个同年，而小肠嫌色细胞膜脾癌（KICH）很短平均48个同年。

注记2 总体之中位随访星期及4个往北的流血事件与掩蔽之中位星期

自荐适用的诊疗结果往北

诊疗结果往北选择有所不同深入研究远距离、流血事件存量、队列大小和结果资讯存量级。将这些方法和开发的其它方法作为对单个病症资讯库的检查和和补充健康检查，得出结论在每种病症子类之中适用每个结果往北的提议及可能（注记3）。每种脾同一时外列脾癌子类的存活往北须要至更少通过一个主要检查和和补充健康检查才被接受。33种脾癌之中的13种适用全部4个往北：膀胱尿路上皮脾癌（BLCA）、睾丸粒状细胞膜脾癌（CESC）、结肠脾癌（COAD）、食管脾癌（ESCA）、胸部粒状细胞膜脾癌（HNSC）、小肠睾丸细胞膜脾癌（KIRP）、脾腺脾癌（LUAD）、LUSC、OV、胰腺脾癌（PAAD）、肉疣（SARC）、胃腺脾癌（STAD）和子宫内膜脾癌（UCEC）。相反，从尚未一个往北的有嗜铬细胞膜疣和副神经节疣（PCPG）。脾脏脾同一时外列脾癌弥漫着大B细胞膜脾脏疣（DLBC）、LAML和胸腺疣（THYM）仅有一个往北；剩余脾同一时外列脾癌子类2或3个往北，但其之中一些持看法。最合理的是PFI，可无保留地自荐给除LAML（无资讯）、DLBC和KICH（果断适用）和PCPG（不自荐）另有的4种脾同一时外列脾癌。

注记3 往北OS,PFI,DFI及DSS的审计与自荐适用

检查和TCGA-CDR及案亦然分析方法

在乳腺脾癌深入研究之中，雌激素ER阴功能性病童诊疗存活期病状比ER+脾同一时外列脾癌病童差。分别用OS、PFI、DFI和DSS更为这两类脾同一时外列脾癌病童的存活期（平面图3A–3D；直线截止于10年随访星期，但适用整个资讯库进行时深入研究）。单诱因深入研究推测，适用PFI（p= 0.005）和DFI（p = 0.001）作为诊疗往北，TCGA之中ER+乳腺脾癌病童比ER-病童有更佳的存活期，但适用OS时两类病童外不假定差异性(p = 0.097) 。此另有，两类病童的DSS（p = 0.009）有突出差异性，注记明DSS的潜在价差值。以上发现断定了PFI和DFI是特定子类乳腺脾癌水分子深入研究的恰当往北。

平面图3 检查和和分析方法实亦然

此另有还检查和了侵扰功能性GBM存活结果往北。TCGA之中GBM之中位OS为12.6个同年，介于此同一时外华盛顿邮报的规范病人的12.1个同年和规范病人合组替莫唑胺的14.6个同年两者之外。之中位PFI是6.1个同年，介于此同一时外华盛顿邮报的规范病人5个同年和规范病人合组替莫唑胺的6.9个同年两者之外。仅仅，TCGA资讯库OS和PFI流血事件星期与文献保持一致。再次便是OS和PFI作为GBM水分子深入研究的诊疗往北效度。

用Cox比亦然几率重归仿真尚未确定高期（III、IV期）相比之下低期（I、II期）脾同一时外列脾癌病童的几率比（HR），检查和4个往北的TCGA-CDR资讯。由于DFI假设与其它结果的假设不保持一致，对自荐适用OS、PFI和DSS的14种子类脾同一时外列脾癌更为logHR（注记3）。随后仅有对充分利用Cox比亦然几率理论上的病症进行时统计数字（平面图3E–3G）。深入研究注记明，14种子类脾同一时外列脾癌之中，除外皮疣（MESO）、PAAD和葡萄膜阿兹海默（UVM）另有，高期对比低期HR在3个自荐往北OS、PFI及DSS上明显偏高。引入配对抽取的Wilcoxon秩和检查和，当适用PFI与DSS（p = 0.0008）或PFI与OS（p = 0.039）测量时，logHR有突出差异性，推测病症进展和存活往北在HR上假定系统相反；OS与DSS两者之外从尚未突出差异性（p = 0.106）。对2个logHR差值的规范说是进行时逆加权不等尚未确定Pearson方差， 由logHR据估计的3种结果有极突出正相关：PFI和OS方差0.96（95%方差[CI]：0.77–0.99），PFI和DSS为 0.95（95%方差：0.76–0.99），OS和DSS为0.90（95%方差：0.61–0.98）。这些相关功能性潜在支持诊疗早期用PFI，中后期用OS和DSS做往北。

除了定位水分子资讯，还尝试深入研究首次病人后无病病童与非无病病童是否用到各有不同的新脾同一时外列脾癌流血事件。TCGA-CDR之中29类脾同一时外列脾癌资讯用作化解该难题，纳入病童从病患到进行时首治并达到无病状况至更少存活者3个同年。以LUSC为亦然，有289亦然无病病童和41亦然长期以来非无病病童，NTE率总计有21.8%和68.2%。用Cox比亦然几率重归仿真，发现在非无病病童之中NTE几率突出较低无病病童（HR = 6.68，95% CI = 4.25–10.51，FDR修正q差值＜0.05）。在另另有21种脾同一时外列脾癌子类之中也有类似于结果（注记4）。余下7种脾同一时外列脾癌之中从尚未掩蔽到这些差异性。我们也在审计是否每个仿真都充分利用比亦然几率理论上，其之中有两个不符合，须要深入研究星期仰赖及多变量仿真来探寻可能。

注记4 非无病与无病病童NTE发展对比

TCGA从全球数百个市区内采集病亦然，为化解诊疗资讯各有不同市区内外的可比功能性，须回避资讯明晰功能性、脾同一时外列脾癌和病童特质等。对每种病症而言，我们对比了同一时外两名包括病亦然数最多的该组织来源市区内（TSS）与所有其它TSS的同种病症及4个结果往北（注记5）。

注记5 对来自同一时外两位TSS的每个脾同一时外列脾癌子类深入研究结果进行时更为

对于GBM等极极强侵扰功能性的脾同一时外列脾癌，同一时外两位TSS（#1和#2）的中风一些人与其它TSS相比类似于的有OS、PFI和DSS，因流血事件太更少难以深入研究不自荐DFI做往北。BRCA等较低侵扰功能性脾同一时外列脾癌，强而有力自荐适用PFI和DFI，但提议果断用OS或DSS审计。TSS #1的诊疗资讯转化成不太好的OS和DSS，但从尚未掩蔽到PFI差异性；另另有，很薄上TSS#1有更佳的DFI结果，仅有用到3亦然 DFI流血事件。这种注记里不一的现象注记明该市区内的结果资讯须全面审计。另一上都，TSS #2的4个往北结果与其它大都保持一致。

这个简单的结果更为注记明，当从特定结果深入研究适度TCGA的诊疗资讯时，须要回避TSS的实际资讯。由于年龄、脾同一时外列脾癌分期/分级及病人等诱因影响各有不同TSS患病一些人的往北结果，TSS可以作为这些和不实质上诊疗脚注等其它尚未测量差异性的替代。

潜在的混诱因、公平竞争结果的

几率及仿真理论上

对诊疗存活往北深入研究来说，提议适用所妥善处理的全部诊疗资讯。但相比水分子/序列资讯的定位深入研究，要特别注意两个上都。首先，自荐意见基于曲率半径存活仿真，以水分子甲型作得出结论因子划分抽取集，确实会破坏结果统计数字的突出功能性差异性。因此，从互相关联的TCGA水分子资讯或脾同一时外列脾癌甲型TCGA-CDR结果资讯之中得出的结论须在脱离的脾同一时外列脾癌资讯库之中全面断定。

第二，我们提议仅有适用原发脾同一时外列脾癌的水分子资讯，因为病童初诊时，不可忽视星期资讯等归一化的诊疗资讯已采集相比之下明晰。皮肤上阿兹海默（SKCM）在TCGA脾同一时外列脾癌子类之中非常特别，470亦然脾同一时外列脾癌之中仅有103亦然原发脾同一时外列脾癌，其余296亦然为原发脾同一时外列脾癌发散脾脏结移往，68亦然远端移往。这与很更少采集到移往疣的其它TCGA脾同一时外列脾癌子类形成两极分化。SKCM移往疣很更少不极强归一化的原发脾同一时外列脾癌，而其它TCGA脾同一时外列脾癌子类尽管很更少有移往疣，但都不极强归一化的原发抽取。因此，对于SKCM结果的相关功能性，提议只适用有限存量的原中风亦然，尽管SCKM脾脏结移往的III期病亦然可作为脱离组群进行时深入研究。

在适用新定位的TCGA-CDR资讯库时，还须要特别注意：潜在重名诱因、公平竞争结果的几率及仿真理论上。

混诱因

混诱因假定但被排除在仿真之另有时，相反确实高估或远超过相符疗效。如在乳腺脾癌的族群差异性深入研究之中，黑人与黑人病童两者之外假定不可忽视的基因注记达差异性，然而根据水分子甲型进行时修正后，这种差异性突出缩减甚至消失。病人效用也是潜在的混诱因，当资讯可提供时应适当回避修正。病人尚未知时，年龄、诊治养老院及病患年份等规范病人作为替代资讯能缩减大部分说是差。对这上都的决策建模，积极适用脾同一时外列脾癌标志物病状深入研究提议报告（REMARK）。

公平竞争结果的几率

精确测量DSS、DFI和PFI往北时，要对从尚未境遇不可忽视流血事件且无病的临死前亡病童进行时审查。在这种情况下，如果理论上病童从尚未其它疑点，那她/他再次仍确实临死前于脾同一时外列脾癌指征。然而，在据估计病人等得出结论因子对继发功能性脾同一时外列脾癌或心血管病症等非指数脾同一时外列脾癌临死前亡几率的得出结论能力时，该理论上尚未必可取。

仿真理论上

分析方法Cox比亦然几率（PH）仿真必须健康检查PH理论上。除更少数案亦然另有，大多数仿真都充分利用Cox PH理论上，但须全面探索这些个案以探究抵触理论上的可能，从而对HR做出更准确的据估计。尽管并尚未为清理资讯和化解难题忍耐了前所未见努力，但仍假定不可忽视的适用受到限制，访问期外TCGA诊疗资讯都必须知晓这些受到限制。

首先，TCGA主要是为水分子深入研究设计，最初病亦然选择来自多个机构不极强恰当库存该组织的尚未病人原中风亦然，因此这些病亦然不组合成连续功能性。此另有，对于每种各有不同脾同一时外列脾癌子类/深入研究，随访资讯从尚未统合采集。同时，诊疗资讯采集的一些规则在即使如此不得不随着星期的推移而改变。TCGA - CDR不涵盖脾同一时外列脾癌病人两书，并非所有病亦然都被脚注。因此，深入研究特定脾同一时外列脾癌子类或甲型的病人背景优于概况功能性泛脾癌深入研究。当病童进行时实际病人时，得益于须用DFI和PFI往北有效性深入研究。

其次，TCGA抽取诊疗随访根据当地养老院的星期注记，确实为病症或特定胸部的复发和病人不可忽视灵魂状况的记录，因此从尚未TCGA指定的诊疗随访计划书，仅有得出结论工程项目主要忽略的脾同一时外列脾癌水分子特质。

终于，完全所有TCGA获得的脾同一时外列脾癌抽取和序列及水分子资讯来自新诊病童原发脾同一时外列脾癌的单个另有皮，由此转化成的序列和水分子资讯不能在空外或星期任何上都明确猎捕代注记另一病童结果变量的脾同一时外列脾癌异质功能性。该难题不是TCGA独有的，任何线性原发功能性脾同一时外列脾癌深入研究都假定。

概述

这项工作是有两书以来第一次全面性系统地妥善处理TCGA泛脾癌诊疗资料。由此转化成的TCGA-CDR的结果往北与脱离非TCGA深入研究结果保持一致，详述该教育资源在空同一时外规模的诊疗尺度上包括了生物观测新视角。也要认识到TCGA-CDR的内在适用局限功能性及关键功能性指导和自荐意见。并尚未非常明晰，有机体病症预见大规模的水分子深入研究必须系统地采集诊疗病理、病人和原于流血事件资讯，以坚持最高规范的诊疗深入研究。尽管有其局限功能性，TCGA-CDR包括了规范化资讯库，以及清晰的4个诊疗结果往北等价，并化解了存量级难题，从而在泛脾癌和个体水平上进行时转化深入研究。预见资讯深入研究的融合将提高结果两者之外的可比功能性，更佳地解读和支持重复。

参考资料

An Integrated TCGA Pan-Cancer Clinical Data Resource to Drive High-Quality Survival Outcome Analytics