TCGA癌症针灸数据资源全面介绍---癌症研究领域的全谱！

2006年，肝癌症DNA由此可知谱（The Cancer Genome Atlas, TCGA）计划以多形普遍性质母线粒体突起（GBM）、肠胃表皮线粒体癌症（LUSC）和卵巢浆液普遍性囊癌症（OV）开始为期3年的试点这两项，2009年~2015年全盘展开。到这两项日和，TCGA网路科学研究工并作者已描述了33种肝癌症多种类型10,000余由此可知病变的大分子基本特征，并并并不一定了很多大分子冠状病毒。TCGA包含的医学关键基本特征代所列泛化的讯息获取。为维护应该运用于这些具DNA基本特征的核心内容医学讯息，最近TCGA顺利进行一批重大成果，发所列在CellPress为该公司的刊物。

本文对4月初5日发所列Cell上的一文顺利进行编译。文章阐述以OS（总猎食期）、PFI（无重大突破有规律）、DFI（无小儿有规律）和DSS（疾小儿之外存活）为四个主要医学结果起点的TCGA泛肝癌症医学讯息人力（TCGA-CDR）一个通用讯息库，并得出了每种肝癌症多种类型的起点运用于提议。TCGA医学讯息可从DNA讯息共享空间内（GDC）门户网站App，所有的大分子讯息在App。医学讯息和大分子讯息运用于同样的QR结构，便于病变的医学数据和抽样大分子讯息为基础。

TCGA泛癌症讯息库函数调用基本特征

由此可知1A为医学讯息为基础和人口统计分析法则及4个主要医学起点衍生和分析的流程由此可知,对33份初始已登记和97份后续讯息文件，共33种肝癌症多种类型111,60由此可知肝癌症病变的数据顺利进行了处理。所列1为每个TCGA函数调用的基本基本特征。按原发抽样根据大分子基本特征选入每个函数调用，皮肤卵巢癌症（SKCM）的原发和重新分配故称两种多种类型都有，其它极不及数的原发与重新分配多种类型也有科学研究。

由此可知1. 医学讯息为基础和人口统计分析法则及4个主要医学起点衍生和分析流程由此可知

所列1. TCGA 泛癌症函数调用基本特征

医学结果起点OS、PFI、DFI和DSS

总猎食期（OS）很最重要，特点是并并不一定OS惨剧时模糊普遍性高达。但运用于OS并作起点也许削弱医学科学研究，因为非癌症病因并不一定能反映出海洋免疫学、摧残普遍性或对化疗消除。运用于OS或需更为长的随访整整；很多医学试验中的，通常采用相较随访整整较短的DFI或PFI。针对现有TCGA医学讯息，要注意到MLT-医学随访有规律在摧残普遍性肝癌症多种类型结果的最重要普遍性，因为也许几年内就捕捉到到医学惨剧，在生还在此之前已再次出现小儿情中风或重大突破。对摧残普遍性较弱的肝癌症多种类型，病变在数十乃至几十年后中风，随访其间也许无法捕捉到充分惨剧以拥护精确结果可供判断。该人口统计分析的用意是安全检查TCGA泛癌症医学验证的相较优势和不足以，范本现阶段的人口统计分析和避免随访有规律整整不足以等缺陷。

人口统计分析全部TCGA医学讯息后，论断如下：在讯息可赢取时，OS、PFI及DFI相较精确，但多数在此之前提只能少于DSS。由此可知1B为33种相同肝癌症多种类型的OS K-M圆弧。尽管猎食人口统计分析不是TCGA主要尽也许，多数肝癌症多种类型猎食圆弧与以在此之前分析相同猎食起点的单一科学研究完全相同，GBM、OV（2008, 2011）和低层级质突起（LGG）（2015）的TCGA结果就是比较好由此可知证。PFI、DFI和DSS的K-M圆弧见由此可知1C–1E。

由此可知1 B-E医学讯息人口统计分析

基于每种肝癌症多种类型4个起点的捕捉到整整计算高达随访整整及惨剧或安全检查的中的位整整（所列2）。所有的中的位随访整整为22.1个月初，但相同多种类型肝癌症该整整差别大大；GBM和急普遍性髓系白血小儿（LAML）最短约12个月初，而肾嫌色线粒体癌症（KICH）仅有约48个月初。

所列2 基本上中的位随访整整及4个起点的惨剧与捕捉到中的位整整

中的选运用于的医学结果起点

医学结果起点自由选择取决于科学研究尽也许、惨剧数量、函数调用大小和结果讯息恒星质量。将这些法则和开发的其它法则并作为对单个疾小儿讯息库的试验中和多余安全检查，得出在每种疾小儿多种类型中的运用于每个结果起点的提议及理由（所列3）。每种肝癌症多种类型的猎食起点能够至不及通过一个主要试验中和多余安全检查才被接受。33种癌症中的的13种运用于全部4个起点：膀胱尿路上皮癌症（BLCA）、宫颈表皮线粒体癌症（CESC）、中的风（COAD）、食管癌症（ESCA）、头颈部表皮线粒体癌症（HNSC）、肾状线粒体癌症（KIRP）、肠胃癌症（LUAD）、LUSC、OV、胰癌症（PAAD）、肉突起（SARC）、胃癌症（STAD）和子宫病症症（UCEC）。显然，没一个起点的有嗜铬线粒体突起和副神经突起（PCPG）。内膜犹如大B线粒体化学疗法（DLBC）、LAML和腰腺突起（THYM）更为不及一个起点；剩余肝癌症多种类型2或3个起点，但其中的一些握保留意见。最精确的是PFI，可无保留地中的选给除LAML（无讯息）、DLBC和KICH（认真运用于）和PCPG（不中的选）外的4种。

所列3 起点OS,PFI,DFI及DSS的分析与中的选运用于

可验证TCGA-CDR及案由此可知应用

在结核病症科学研究中的，雌激素ER阳普遍性病变医学猎食期生存率比ER+病变差。分别用OS、PFI、DFI和DSS相对这两类病变的猎食期（由此可知3A–3D；圆弧日和于10年随访整整，但运用于整个讯息库顺利进行人口统计分析）。单心理因素人口统计分析显示，运用于PFI（p= 0.005）和DFI（p = 0.001）并作为医学起点，TCGA中的ER+结核病症病变比ER-病变有更为好的猎食期，但运用于OS时两类病变间不依赖于差别(p = 0.097) 。此外，两类病变的DSS（p = 0.009）有值得注意差别，声称DSS的潜在价值。以上挖掘出证实了PFI和DFI是特定多种类型结核病症大分子科学研究的更为好起点。

由此可知3 可验证和应用实由此可知

此外还可验证了摧残普遍性GBM猎食结果起点。TCGA中的GBM中的位OS为12.6个月初，介于此在此之前报导的常规化疗的12.1个月初和常规化疗联合替莫唑胺的14.6个月初两者之间。中的位PFI是6.1个月初，介于此在此之前报导的常规化疗5个月初和常规化疗联合替莫唑胺的6.9个月初两者之间。也许，TCGA讯息库OS和PFI惨剧整整与文献相符。再次由此可知OS和PFI并作为GBM大分子科学研究的医学起点效度。

用Cox比由此可知也许普遍性重回动态重新考虑到高期（III、IV期）相较高期（I、II期）肝癌症病变的也许普遍性比（HR），可验证4个起点的TCGA-CDR讯息。由于DFI并并不一定与其它结果的并并不一定不相符，对中的选运用于OS、PFI和DSS的14种多种类型肝癌症相对logHR（所列3）。随后更为不及对满足Cox比由此可知也许普遍性推论的疾小儿顺利进行人口统计（由此可知3E–3G）。结果声称，14种多种类型肝癌症中的，除间皮突起（MESO）、PAAD和葡萄膜卵巢癌症（UVM）外，高期对比低期HR在3个中的选起点OS、PFI及DSS上微小偏高。采用一对一抽样的Wilcoxon秩和筛选，当运用于PFI与DSS（p = 0.0008）或PFI与OS（p = 0.039）测量时，logHR有值得注意差别，显示疾小儿重大突破和猎食起点在HR上依赖于系统偏离；OS与DSS两者之间没值得注意差别（p = 0.106）。对2个logHR值的常规误以为顺利进行逆加权高达重新考虑到Pearson自参数， 由logHR少于的3种结果有极值得注意正之外：PFI和OS自参数0.96（95%置信区间[CI]：0.77–0.99），PFI和DSS为 0.95（95%置信区间：0.76–0.99），OS和DSS为0.90（95%置信区间：0.61–0.98）。这些之外普遍性潜在拥护医学早期用PFI，后半期用OS和DSS想到起点。

除了为基础大分子讯息，还先在此之前人口统计分析首次化疗后无小儿病变与非无小儿病变是否是再次出现相同的新惨剧。TCGA-CDR中的29类肝癌症讯息运用于解决该弊端，归属于病变从化疗到顺利进行首治并达到无小儿状态至不及存活3个月初。以LUSC为由此可知，有289由此可知无小儿病变和41由此可知长期非无小儿病变，NTE率分别为21.8%和68.2%。用Cox比由此可知也许普遍性重回动态，挖掘出在非无小儿病变中的NTE也许普遍性值得注意很低无小儿病变（HR = 6.68，95% CI = 4.25–10.51，FDR相应q值＜0.05）。在另外21种肝癌症多种类型中的也有类似结果（所列4）。直至7种中的没捕捉到到这些差别。我们也在分析是否是每个动态都满足比由此可知也许普遍性推论，其中的有两个不符合，能够科学研究整整依赖及多参数动态来寻找理由。

所列4 非无小儿与无小儿病变NTE的发展对比

TCGA从全球数百个线路获取小儿由此可知，为解决医学讯息相同线路间的可比普遍性，需重新考虑讯息更为简单普遍性、和病变基本特征等。对每种疾小儿而言，我们对比了在此之前两名提可供小儿由此可知数最多的组织来源线路（TSS）与所有其它TSS的同种疾小儿及4个结果起点（所列5）。

所列5 对来自在此之前两位TSS的每个肝癌症多种类型科学研究结果顺利进行相对

对于GBM等可见一斑摧残普遍性的，在此之前两位TSS（#1和#2）的发小儿青年人与其它TSS相比类似的有OS、PFI和DSS，因惨剧太不及难以人口统计分析不中的选DFI想到起点。BRCA等较高摧残普遍性，强力中的选运用于PFI和DFI，但提议认真用OS或DSS分析。TSS #1的医学讯息产生很好的OS和DSS，但没捕捉到到PFI差别；另外，所列面上TSS#1有更为好的DFI结果，更为不及再次出现3由此可知 DFI惨剧。这种所列里不一的现象声称该线路的结果讯息需实质普遍性分析。另一各个方面，TSS #2的4个起点结果与其它以在此之前相符。

这个简单的结果相对声称，当从特定结果人口统计分析既有TCGA的医学讯息时，能够重新考虑TSS的陈述讯息。由于年长、依此/评定及化疗等心理因素心理因素相同TSS患小儿青年人的起点结果，TSS可以并作为这些和不完全医学注释等其它尚未测量差别的替代。

潜在的常是心理因素、垄断结果的

也许普遍性及动态推论

对医学猎食起点人口统计分析来说，提议运用于所处理的全部医学讯息。但相比大分子/DNA讯息的为基础人口统计分析，要注意两个各个方面。首先，中的选意见基于基线猎食动态，以大分子冠状病毒并作数据分析变异划分抽样集，有也许损害结果人口统计的测量误以为差差别。因此，从互不关联的TCGA大分子讯息或冠状病毒TCGA-CDR结果讯息中的得出的论断需在单一的讯息库中的实质普遍性证实。

第二，我们提议更为不及运用于原发的大分子讯息，因为病变初诊时，最重要整整讯息等给定的医学讯息已获取相较更为简单。皮肤卵巢癌症（SKCM）在TCGA多种类型中的更为特殊，470由此可知中的更为不及103由此可知原发，其余296由此可知为原发大面积内膜结重新分配，68由此可知控制台重新分配。这与很不及获取到重新分配突起的其它TCGA肝癌症多种类型演化成；也。SKCM重新分配突起很不及兼具给定的原发，而其它TCGA肝癌症多种类型尽管很不及有重新分配突起，但都兼具给定的原发抽样。因此，对于SKCM结果的之外普遍性，提议只运用于极少数量的原发小儿由此可知，尽管SCKM内膜结重新分配的III期小儿由此可知可并作为单一总括顺利进行科学研究。

在运用于新为基础的TCGA-CDR讯息库时，还能够注意：潜在混用心理因素、垄断结果的也许普遍性及动态推论。

常是心理因素

常是心理因素依赖于但被排除在动态之外时，偏离也许很低或低估真实。如在结核病症的宗教信仰差别科学研究中的，有色人种与宗教信仰歧视病变两者之间依赖于最重要的端粒酶差别，然而根据大分子冠状病毒顺利进行相应后，这种差别值得注意减不及甚至不复依赖于。治果也是潜在的常是心理因素，当讯息可给与时应适当重新考虑相应。化疗尚未知时，年长、诊治医院及化疗往年等常规化疗并作为替代讯息能减不及部分误以为差。对这各个方面的对政府动态，鼓励运用于；也生存率科学研究提议人口统计数据（REMARK）。

垄断结果的也许普遍性

测定DSS、DFI和PFI起点时，要对没经历最重要惨剧且无小儿的生还病变顺利进行审查。在这种在此之前提，如果推论病变没其它病因，那她/他最终仍也许死于肝癌症指征。然而，在少于化疗等数据分析变异对继发普遍性肝癌症或心血管疾小儿等非指数肝癌症生还也许普遍性的数据分析技能时，该推论并不可取。

动态推论

应用Cox比由此可知也许普遍性（PH）动态需安全检查PH推论。除不及数案由此可知外，大多数动态都满足Cox PH推论，但需实质普遍性探索这些个案以找出违背推论的理由，从而对HR想到出更为准确的少于。尽管仍然为搬运讯息和找出忍耐了巨大希望，但仍依赖于最重要的运用于受到限制，次访问TCGA医学讯息都需了解到这些受到限制。

首先，TCGA主要是为大分子科学研究设计，本来小儿由此可知自由选择来自多个机构兼具更为好库存组织的尚未化疗原发小儿由此可知，因此这些小儿由此可知不构成连续普遍性。此外，对于每种相同多种类型/科学研究，随访讯息没为统一获取。同时，医学讯息获取的一些规则在以在此之前不得不随着整整的发生变化而显然。TCGA - CDR不包含肝癌症化疗通史，并非所有小儿由此可知都被注释。因此，人口统计分析特定多种类型或冠状病毒的化疗历通史背景优于概况普遍性泛癌症人口统计分析。当病变顺利进行陈述化疗时，获益好比DFI和PFI起点理论上人口统计分析。

其次，TCGA抽样医学随访根据当地医疗机构的日在此之前，也许为疾小儿或特定躯干的中风和小儿人最重要生命状态的历史记录，因此没TCGA自行决定的医学随访计划，更为不及得出这两项主要忽略的大分子基本特征。

最后，仍然所有TCGA赢取的抽样和DNA及大分子讯息来自新诊病变原发的单个切片，由此产生的DNA和大分子讯息没法在空间内或整整任何各个方面指明捕获代所列另一病变结果参数的异质普遍性。该弊端不是TCGA多种不同的，任何动态原发普遍性科学研究都依赖于。

展望

这项工并作是有通史以来第一次全盘有系统处理TCGA泛癌症医学数据。由此产生的TCGA-CDR的结果起点与单一非TCGA科学研究结果相符，陈述该人力在空在此之前规模的医学尺度上提可供了海洋生物观测者新视角。也要注意到TCGA-CDR的内在运用于局限及关键普遍性范本和中的选意见。仍然更为仅仅只是，海洋生物疾小儿愿景大规模的大分子科学研究需有系统获取医学小儿理、化疗和原属惨剧讯息，以执意最多常规的医学科学研究。尽管有其局限，TCGA-CDR提可供了一个通用讯息库，以及准确的4个医学结果起点假设，并解决了恒星质量弊端，从而在泛癌症和个体水平上顺利进行裂解科学研究。愿景讯息科学研究的融合将提高结果两者之间的可比普遍性，更为好地解释和拥护多次重复。

参考数据

An Integrated TCGA Pan-Cancer Clinical Data Resource to Drive High-Quality Survival Outcome Analytics